Lý luận cơ bản về kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp

Trong bài viết sau đây, tailuanvan.com xin chia sẻ đến bạn lý luận cơ bản về kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp.

1. Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp

Hoàn thuế GTGT là việc nhà nước trả lại số thuế GTGT mà người nộp thuế đã nộp cho NSNN trong một số trường hợp nhất định. Cụ thể hơn, hoàn thuế GTGT là việc NSNN trả lại cho cơ sở kinh doanh hoặc tổ chức, cá nhân mua hàng hóa, dịch vụ về sử dụng số tiền thuế đầu vào đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh còn chưa được khấu trừ trong kỳ tính thuế hoặc hàng hóa, dịch vụ trong trường hợp tiêu dùng của tổ chức, cá nhân đó không thuộc diện chịu thuế.

Mục đích hoàn thuế GTGT là nhà nước trả lại số tiền thuế GTGT mà người nộp thuế đã ứng ra trả trong giá mua hàng hóa, dịch vụ nhưng chưa thu lại được hoặc không thu lại được ở khâu tiêu thụ hàng hóa, dịch vụ hoặc đã được người nộp thuế nộp cho NSNN trong một số trường hợp nhất định nhưng vượt quá số thực sự phải nộp theo quy định của pháp luật.

Đặc điểm của hoàn thuế GTGT: thứ nhất, chủ thể được hoàn thuế GTGT chính là đối tượng nộp thuế GTGT theo quy định của pháp luật. Tại Khoản 1, Điều 2, Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ Quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT quy định rõ: “Người nộp thuế GTGT là các tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT”. Thực chất hoàn thuế là nhà nước trả lại đối tượng nộp thuế một khoản tiền thuế tương ứng với số tiền thuế mà chủ thể đó đã nộp thừa; thứ hai, tổ chức, cá nhân được hoàn thuế đã thực hiện nghĩa vụ thuế của mình, đó là chuyển quyền sở hữu một khoản tiền (thuế) nhất định vào NSNN. Tuy nhiên, sau đó tổ chức, cá nhân chiếu theo quy định pháp luật hiện hành,nếu phù hợp nộp đơn xin hoàn thuế GTGT và được cơ quan thuế có thẩm quyền ra quyết định hành chính hoàn thuế, tức chuyển quyền sở hữu một số tiền (thuế) nhất định từ NSNN trở lại cho tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh được hoàn thuế; thứ ba, căn cứ để cơ quan thuế có thẩm quyền xét và chấp nhận cho hoàn thuế là bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật (Điều 58, Luật Quản lý thuế 2006 và Mục I phần G của Thông tư 60/2007/TT-BTC); thứ tư, nguồn tài chính để thực hiện hoàn thuế GTGT được trích lập từ số tiền thuế GTGT đã thu (hay quỹ hoàn thuế GTGT). Sử dụng quỹ này chỉ cho mục đích hoàn thuế theo quy định pháp luật và hướng dẫn của Bộ Tài chính.

Nguyên tắc hoàn thuế GTGT: là chỉ hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất kinh doanh các hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT; phải đảm bảo thực hiện đúng thủ tục, quy trình và doanh nghiệp xin hoàn thuế phải có bộ hồ sơ xin hoàn thuế GTGT hợp lệ theo quy định của pháp luật; phải hoàn đúng, hoàn đủ, kịp thời số tiền thuế mà doanh nghiệp đã nộp thừa, đảm bảo quyền lợi cho doanh nghiệp nhưng không được làm thất thu thuế cho NSNN; đảm bảo tiết kiệm thời gian, chi phí cho các doanh nghiệp xin hoàn thuế.

Ý nghĩa hoàn thuế GTGT : Hoàn thuế GTGT có nhiều ý nghĩa, thể hiện tính ưu việt của thuế GTGT so với thuế doanh thu, khắc phục được sự trùng lặp nên phát huy tính tự giác cao của các doanh nghiệp; Tạo điều kiện về tài chính cho các doanh nghiệp khi gặp khó khăn đồng thời góp phần khuyến khích các doanh nghiệp mở rộng sản xuất kinh doanh, đầu tư chiều sâu, đẩy mạnh xuất khẩu; Hoàn thuế GTGT còn giúp tạo lập sự công bằng, bình đẳng giữa các doanh nghiệp với tư cách là chủ thể nộp thuế và giữa doanh nghiệp với nhà nước; Tạo động lực để các doanh nghiệp sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thực hiện nghiêm chỉnh chế độ hóa đơn, chứng từ và kế toán theo hướng minh bạch hóa.

2. Khái niệm và quy trình quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

2.1. Khái niệm quản lý và kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng

Quản lý hoàn thuế GTGT là hoạt động của cơ quan thuế nhằm mục đích hoàn trả số tiền mà các tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động kinh doanh các hàng hóa , dịch vụ chịu thuế GTGT(người nộp thuế) đã thực hiện nghĩa vụ nộp thuế, nhưng đối chiếu với quy định pháp luật hiện hành của nhà nước được hoàn trả.

Việc quản lý hoàn thuế GTGT của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy định của Luật NSNN, Luật thuế GTGT, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Kiểm tra hoàn thuế GTGT là một chức năng cơ bản của công tác quản lý thuế nói chung và quản lý hoàn thuế GTGT nói riêng. Đó là hoạt động của cơ quan thuế nhằm kiểm tra hồ sơ và số tiền thuế mà tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT đã nộp vào NSNN, nay đề nghị hoàn trả theo quy định của pháp luật.

Công tác kiểm tra hoàn thuế GTGT có mối quan hệ chặt chẽ với toàn bộ công tác quản lý hoàn thuế GTGT và kiểm tra thuế nói chung (theo quy định của pháp luật về Quản lý thuế, quy trình hoàn thuế GTGT và kiểm tra thuế).

2.2. Quy trình quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

Theo Quyết định 905/QĐ-TCT ngày 01/07/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về Quy trình hoàn thuế, trình tự các khâu trong quản lý hoàn thuế GTGT trải qua 5 bước:

Bước 1: Tiếp nhận hồ sơ.

Bước 2: Phân loại hồ sơ.

Bước 3: Giải quyết hồ sơ (thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và kiểm tra trước, hoàn thuế sau).

Bước 4: Thẩm định pháp chế.

Bước 5: Quyết định hoàn thuế.

Theo Thông tư 99/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính có hiệu lực từ ngày 13/08/2016, quy trình mới về hoàn thuế GTGT được thực hiện như sau:

Bước 1: Người nộp thuế tự xác định số thuế GTGT đủ điều kiện được hoàn, lập và gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan quản lý thuế trực tiếp. Người nộp thuế nộp hồ sơ trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi điện tử hoặc gửi qua đường bưu điện.

Bước 2: Cơ quan thuế tiếp nhận và phân loại hồ sơ theo diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước, hoàn thuế sau (theo Điều 12 Thông tư này).

Bước 3: Cơ quan thuế xác định số thuế GTGT được hoàn.

Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau, cơ quan thuế đối chiếu hồ sơ hoàn thuế và hồ sơ kê khai thuế để xác định số thuế GTGT được hoàn.

Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra tại cơ sở NNT để xác định số thuế GTGT được hoàn.

Bước 4: Cơ quan thuế xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước để thực hiện bù trừ với số tiền thuế GTGT được hoàn, lập đề xuất hoàn thuế và dự thảo Quyết định hoàn thuế.

Bước 5: Cơ quan thuế thẩm định hồ sơ hoàn thuế trước khi ban hành Quyết định hoàn thuế.

Bước 6: Chi hoàn thuế.

Kho bạc cấp tỉnh chi hoàn thuế cho NNT theo Quyết định hoàn thuế, Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN của cơ quan thuế có thẩm quyền theo quy định của pháp luật, hướng dẫn của Bộ Tài chính.

2.3. Các tiêu chí để đánh giá quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

Để đánh giá kết quả công tác quản lý hoàn thuế GTGT cần phải căn cứ vào các tiêu chí cụ thể, như:

Thời gian thụ lý hồ sơ hoàn thuế GTGT;

Tổ chức, quy trình hoàn thuế GTGT tại cơ quan thuế;

Tỷ lệ số tiền thuế được hoàn trên tổng số tiền yêu cầu hoàn thuế GTGT; Tỷ lệ số tiền thuế bị truy thu sau hoàn thuế trên tổng số tiền được hoàn; Tỷ lệ số hồ sơ được kiểm tra sau hoàn thuế.

Đồng thời, phải phân tích các nhân tố ảnh hưởng đến công tác quản lý hoàn thuế GTGT.

Về phía Chi cục thuế Quận Thanh Xuân:

Về trình độ, năng lực quản lý thuế cấp chi cục: ngoài việc đào tạo phân công bộ máy cán bộ đúng chuyên môn lĩnh vực công tác có tính chất chủ đạo tiên quyết thì việc giáo dục đạo đức cũng góp phần nâng cao mặt tích cực trong lĩnh vực hoàn thuế.

Về các hoạt động tuyên truyền thực hiện phổ biến giáo dục pháp luật đối với NNT để bản thân mỗi NNT có ý thức chấp hành tốt pháp luật về thuế, công tác quản lý về thuế nói chung, thuế GTGT nói riêng trở nên đơn giản và hiệu quả cũng là một trong những công tác trọng tâm hàng đầu không thể thiếu. b. Những nhân tố khách quan:

Bản chất việc kế hoạch công tác hàng năm của cấp Chi cục là chịu sự chỉ đạo trực tiếp song trùng của Cục thuế Hà Nội và đồng thời với đó là của UBND quận Thanh Xuân. Ngoài ra còn là một cơ quan nhỏ trong khối ngành Tài chính và nằm trong hệ thống các cơ quan nhà nước nên cũng nằm trong sự chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng Cục thuế và UBND Thành phố Hà Nội và một số cơ quan khác.

Vì vậy Chi Cục thuế Quận Thanh Xuân cũng là một trong các cơ quan thực thi văn bản chỉ đạo của ngành và thành phố nhất là về số thu NSNN.

Về cơ chế quản lý thuế: Hiện nay, Nhà nước đang có công cuộc cải cách về cơ chế quản lý thuế. Cải cách này thể hiện ở cơ chế tự khai, tự nộp, việc khai và nộp thuế cũng đã ứng dụng triệt để công nghệ thông tin. Người nộp thuế đã có thể thực hiện nộp hồ sơ thuế, nộp tiền thuế qua cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế ( có liên thông với các Ngân hàng và cơ quan Hải quan). Đối với cán bộ kiểm tra thuế cũng đã có thể rút ngắn thời gian thông qua việc tra cứu thông tin liên quan đến quá trình kê khai thuế của doanh nghiệp. Như vậy, cơ cấu trên là hợp lí và phù hợp tiến trình cải cách thuế cũng như là hội nhập.

3. Nội dung quản lý và kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp

Từ quy trình quản lý hoàn thuế GTGT nêu trên cho thấy, quản lý và kiểm tra hoàn thuế GTGT đối với doanh nghiệp có các nội dung công việc cơ bản sau đây:

Thứ nhất, tiếp nhận, kiểm tra thủ tục và phân loại hồ sơ hoàn thuế. Đây là việc cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, kiểm tra tính đầy đủ, đúng thủ tục, hợp pháp của hồ sơ hoàn thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế, Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành các Luật trên. Phân loại hồ sơ hoàn thuế theo đối tượng (hoàn thuế trước, kiểm tra sau hay kiểm tra trước, hoàn thuế sau) theo quy định tại Điều 11, Điều 12 Thông tư 99/2016/TT-BTC.

Thứ hai, kiểm tra, phân tích, đánh giá hồ sơ hoàn thuế tại cơ quan thuế. Đây là việc cơ quan thuế thực hiện phân tích, đánh giá các dữ liệu mà doanh nghiệp kê khai và các chứng từ kèm theo, đồng thời thực hiện các thủ tục đối chiếu, xác minh với các cơ quan liên quan về tính chính xác của tài liệu doanh nghiệp cung cấp để xác định tính hợp lý, chính xác của hồ sơ hoàn thuế từ đó đưa ra quyết định hoàn thuế. Nội dung quan trọng ở bước này là xác minh số thuế được hoàn và thẩm định tính pháp lý của hồ sơ hoàn thuế.

Thứ ba, tổ chức thực hiện các thủ tục ra quyết định hoàn thuế. Đây là quá trình cần thiết để tiến tới ban hành và lưu hành quyết định hoàn thuế (hoặc/và thông báo không được hoàn thuế). Cán bộ kiểm tra chịu trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế phải thực hiện các thủ tục được quy định tại quy trình hoàn thuế (lập phiếu đề xuất hoàn thuế, dự thảo quyết định hoàn thuế và/hoặc thông báo số thuế không được hoàn, xin thẩm định pháp chế về hồ sơ hoàn thuế, tờ trình lãnh đạo về việc hoàn thuế,…) để trình lãnh đạo phê duyệt quyết định hoàn thuế và lưu hành quyết định hoàn thuế.

Hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế là một quy trình đòi hỏi cán bộ kiểm tra phải tuân thủ chặt chẽ các quy định về thủ tục, thời gian và mang tính lũy kế nên các bộ phận liên quan phải có trách nhiệm lưu trữ hồ sơ nghiêm chỉnh lâu dài.

Dưới đây là nội dung và trình tự giải quyết công việc hoàn thuế GTGT của cơ quan thuế (chủ yếu dựa vào Quyết định 905/QĐ-BTC) bao gồm:

Bước 1: Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế GTGT của người nộp thuế

Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT được chuyển đến cơ quan thuế bằng đường văn thư hoặc được tiếp nhận trực tiếp tại bộ phận “một cửa”, sau khi được tiếp nhận, bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT của người nộp thuế sẽ được bộ phận “một cửa” kiểm tra tính đầy đủ, đúng thủ tục, hợp pháp của hồ sơ theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành luật.

Trường hợp hồ sơ hoàn thuế chưa đầy đủ, đúng thủ tục, bộ phận một cửa sẽ hướng dẫn trực tiếp hoặc lập thông báo hồ sơ chưa đủ thủ tục, gửi người nộp thuế.

Đối với hồ sơ hoàn thuế đã đầy đủ, đúng thủ tục, thì bộ phận “một cửa” sẽ lập phiếu hẹn trả kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho người nộp thuế, gửi người nộp thuế; thời gian hẹn trả kết quả giải quyết kể từ ngày cơ quan thuế nhận đủ hồ sơ hoàn thuế theo quy định. Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế, cơ quan thuế sẽ có thông báo gửi người nộp thuế ngay sau khi có kết quả phân loại hồ sơ.

Đối với hồ sơ được gửi đến cơ quan thuế thông qua giao dịch điện tử: bộ phận được giao tiếp nhận hồ sơ thực hiện tiếp nhận, kiểm tra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử theo quy định.

Bước 2: Phân loại hồ sơ hoàn thuế

Bộ phận phân loại hồ sơ hoàn thuế thực hiện việc đối chiếu với quy định hiện hành để phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước khi hoàn thuế và các trường hợp hoàn thuế khác.

Theo quy định tại Điểm 1 Điều 60 Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế năm 2012, các trường hợp phải kiểm tra trước khi hoàn thuế bao gồm:

Thứ nhất, hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

Thứ hai, người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân;

Thứ ba, người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn hai năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế;

Thứ tư, hàng hóa, dịch vụ không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật;

Thứ năm, doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước;

Thứ sáu, hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng;

Thứ bảy, hàng hóa nhập khẩu thuộc diện phải kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định của Chính phủ.

Trong quá trình phân loại nếu xác định hồ sơ không thuộc trường hợp được hoàn thuế. Bộ phận này sẽ lập Dự thảo Thông báo về việc hoàn thuế kèm theo toàn bộ hồ sơ, trình thủ trưởng cơ quan thuế duyệt ký gửi người nộp thuế.

Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: hồ sơ sẽ được chuyển đến bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế, bộ phận này lập Dự thảo thông báo hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế kèm theo hồ sơ, trình thủ trưởng cơ quan thuế duyệt ký gửi người nộp thuế và chuyển đến bộ phận giải quyết hồ sơ kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Thời gian thực hiện các công việc nêu trên kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ do bộ phận tiếp nhận hồ sơ chuyển đến theo quy định.

Bước 3: Giải quyết hồ sơ hoàn thuế

Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau:

Bộ phận giải quyết hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thực hiện:

Trước tiên, bộ phận này tiến hành việc phân tích hồ sơ hoàn thuế:

Căn cứ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế và số liệu kê khai của người nộp thuế có tại cơ quan thuế. Phối hợp với bộ phận Quản lý nợ để xác định số nợ tiền thuế, tiền phạt của người nộp thuế tại thời điểm hoàn thuế làm căn cứ bù trừ với số thuế được hoàn.

Trong quá trình phân tích, đối chiếu số liệu của hồ sơ hoàn thuế: Nếu số thuế chưa đủ điều kiện được hoàn, bộ phận này sẽ dự thảo thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, trình thủ trưởng cơ quan thuế duyệt ký gửi người nộp thuế. Nếu số thuế đã xác định đủ điều kiện được hoàn thuế: bộ phận này sẽ lập phiếu đề nghị hoàn thuế.

Tiếp đó, bộ phận này sẽ căn cứ phương thức hoàn trả, Quy trình hoàn thuế và bù trừ, hình thức chi trả cho người nộp thuế như: trả bằng tiền mặt, trả vào tài khoản tại Kho bạc Nhà nước hoặc ngân hàng, hoàn trả tại Kho bạc Nhà nước khác địa bàn để lập lệnh hoàn trả đảm bảo các đối tượng liên quan có đủ chứng từ để theo dõi, hạch toán và đối chiếu thanh toán.

Tiếp theo, toàn bộ hồ sơ sẽ được chuyển đến bộ phận pháp chế để thẩm định theo quy định hiện hành.

Sau khi nhận được ý kiến thẩm định của bộ phận Pháp chế, bộ phận giải quyết hồ sơ tổng hợp ý kiến và thực hiện: Nếu kết quả thẩm định nhất trí với nội dung dự thảo: tổng hợp ý kiến và đề xuất hướng xử lý trình thủ trưởng cơ quan thuế xem xét, quyết định. Nếu kết quả thẩm định không nhất trí với nội dung dự thảo: tổng hợp ý kiến và đề xuất hướng xử lý trình thủ trưởng cơ quan thuế xem xét quyết định.

(2) Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau:

Bộ phận giải quyết hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau thực hiện các công việc cụ thể sau:

Trước tiên, bộ phận này sẽ tiến hành kiểm tra hồ sơ tại cơ quan thuế. Bộ phận này sẽ phối hợp với bộ phận Quản lý nợ, Chi cục Thuế để xác định nợ thuế làm căn cứ bù trừ với số thuế được hoàn. Sau đó, tiến hành kiểm tra sơ bộ hồ sơ hoàn thuế và dự thảo Quyết định kiểm tra hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế, trình thủ trưởng cơ quan thuế duyệt ký gửi người nộp thuế.

Tiếp theo, bộ phận này tiến hành kiểm tra hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại Quy trình kiểm tra thuế của Tổng cục Thuế, trong đó xác định rõ số thuế được hoàn và không được hoàn, số nợ tiền thuế, tiền phạt. Trong trường hợp người nộp thuế đến làm việc trực tiếp tại cơ quan thuế thì bộ phận này lập Biên bản làm việc theo quy định, đồng thời thông báo cho bộ phận tiếp nhận hồ sơ để theo dõi, ghi nhận thời hạn làm việc của người nộp thuế.

Căn cứ kết luận kiểm tra hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế, gồm: biên bản kiểm tra, quyết định xử lý kết quả kiểm tra và các tài liệu có liên quan, bộ phận lập phiếu đề nghị hoàn thuế.

Tiếp đó, bộ phận này sẽ căn cứ phương thức hoàn trả, Quy trình hoàn thuế và bù trừ, hình thức chi trả cho người nộp thuế như: trả bằng tiền mặt, trả vào tài khoản tại Kho bạc Nhà nước hoặc ngân hàng, hoàn trả tại Kho bạc Nhà nước khác địa bàn để lập lệnh hoàn trả đảm bảo các đối tượng liên quan có đủ chứng từ để theo dõi, hạch toán và đối chiếu thanh toán theo quy định tại của Bộ Tài chính.

Tiếp theo, toàn bộ hồ sơ sẽ được chuyển đến bộ phận pháp chế để thẩm định theo quy định hiện hành.

Sau khi nhận được ý kiến thẩm định của bộ phận Pháp chế, bộ phận giải quyết hồ sơ tổng hợp ý kiến và thực hiện: Nếu kết quả thẩm định nhất trí với nội dung dự thảo: tổng hợp ý kiến và đề xuất hướng xử lý trình thủ trưởng cơ quan thuế xem xét, quyết định. Nếu kết quả thẩm định không nhất trí với nội dung dự thảo: tổng hợp ý kiến và đề xuất hướng xử lý trình thủ trưởng cơ quan thuế xem xét quyết định.

Bước 4: Thẩm định pháp chế

Bộ phận Pháp chế thực hiện thẩm định về pháp chế đối với hồ sơ hoàn thuế theo nội dung thẩm định quy định tại Quy chế thẩm định dự thảo văn bản quy phạm pháp luật và văn bản hành chính tại cơ quan thuế các cấp của Tổng cục Thuế.

Sau đó, bộ phận pháp chế chuyển trả kết quả thẩm định kèm toàn bộ hồ sơ đến bộ phận đã đề nghị thẩm định.

Bước 5: Quyết định hoàn thuế

(1) Phê duyệt hoàn thuế

Thủ trưởng cơ quan thuế duyệt hồ sơ hoàn thuế, ký lệnh hoàn trả và các văn bản có liên quan theo thẩm quyền quy định.

(2) Lưu hành văn bản hoàn thuế

Bộ phận Hành chính văn thư thực hiện thủ tục đăng ký văn bản “đi” theo quy định và chuyển lệnh hoàn trả và các văn bản có liên quan như sau: Chuyển lệnh hoàn trả cho bộ phận kê khai và kế toán thuế (KK&KTT) để gửi Kho bạc Nhà nước (KBNN) theo quy định; Chuyển lệnh hoàn trả và các văn bản có liên quan (nếu có) đến các bộ phận có liên quan trong cơ quan thuế và lưu trữ theo quy định; Gửi các văn bản có liên quan (nếu có) qua đường bưu chính cho người nộp thuế đối với trường hợp người nộp thuế không đến nhận trực tiếp tại cơ quan thuế theo phiếu hẹn trả kết quả, trường hợp người nộp thuế đến nhận trực tiếp tại cơ quan thuế theo phiếu hẹn trả kết quả thì bộ phận Hành chính văn thư chuyển cho Bộ phận “một cửa” trả kết quả giải quyết hồ sơ cho người nộp thuế; Gửi các văn bản có liên quan (nếu có) cho các cơ quan có liên quan qua đường bưu chính.

Bộ phận Kê khai và kế toán thuế chuyển Lệnh hoàn trả cho KBNN theo quy định của Bộ Tài chính. Sau khi nhận được bản chính Lệnh hoàn trả đã có xác nhận hạch toán hoàn trả của KBNN, Bộ phận KK&KTT thực hiện hạch toán hoàn trả, thu nợ thuế và lưu trữ theo quy định.

Bộ phận “một cửa” trả kết quả giải quyết hồ sơ để người nộp thuế biết khi người nộp thuế đến nhận trực tiếp theo Phiếu hẹn trả kết quả.

(3) Lập chứng từ thu chi liên quan đến hoàn thuế

Trường hợp cơ quan thuế chậm giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế (do lỗi của cơ quan thuế), bộ phận KK&KTT thực hiện các thủ tục lập chứng từ chi trả lãi tính trên số tiền và số ngày chậm hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế. Trình tự, thủ tục hoàn trả thực hiện theo quy định tại Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và kế toán thuế của Tổng cục Thuế.

Thời hạn giải quyết hoàn thuế đối với đối tượng được áp dụng hoàn thuế trước kiểm tra sau cũng như đối với đối tượng được áp dụng kiểm tra, thanh tra tại cơ sở trước khi hoàn thuế kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ theo quy định.